《最强大脑》作为全民热门节目，被广大观众所喜爱，但节目中的黑幕也引发了不少争议。据悉，节目组为了提高收视率，在选手的比拼环节中进行了刻意安排，并对某些选手进行了不公平的对待。
据多位曾经参加过节目的选手透露，节目组会对参赛选手的测试内容进行干预，有段时间，盲人选手成为了热门“出题人”，频频出现在各种赛题中，极大地提高了自身的知名度和名气。
对此，有网友表示，“节目组这么做是为了提高收视率和节目的热度，但是这种不公平的行为违背了竞技精神，破坏了游戏的公正性，毁了一个好节目。”
不过，对于这些争议，节目组并未对外发表太多评论，只是表示会努力改进赛制，提高节目的公正性，希望广大观众能够继续关注和支持《最强大脑》。